Die ursprünglich eine mittelalterige fürstliche Burgstätte aus dem Ende des 9. Jahrhunderts wurde vom Fürst Bořivoj aus der Přemyslidendynastie gegründet. Im Laufe des 11. Jahrhunderts entstand die romanische Basilika. Die umfassendsten Umbaute wurden unter der Herrschaft des Kaisers Karl IV. durchgeführt (zum Beispiel die Gründung der St. Veits-Kathedrale), als die Burg zur kaiserlichen Residenz wurde. Unter der Herrschaft von König Wladislaw II. Jagiello begann der spätgotische Umbau. Später, am Anfang des 16. Jahrhunderts, unter der Habsburger Herrschaft, wurde die Burg im Renaissance-Stil umgebaut (Letohrádek - das Lustschloss, Královská zahrada - der Königsgarten). Seinen Höhepunkt erreichte der Umbau unter der Herrschaft von Rudolf II. um die Wende des 16. und 17. Jahrhunderts, als die Burg zum Kunst- und Wissenschaftszentrum wurde. In dem 17. Jahrhundert diente die Prager Burg nur als ein zeitweiliger Sitz des Kaiserhofes, der nach Wien umgezogen war. Die weiteren Baugestaltungen erwartete die Burg erst in der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts, unter der Herrschaft der Kaiserin Maria-Theresia. Damals wurde sie im Rokoko-Klassizismus-Stil umgebaut. Seit dem Jahre 1918 wurde die Prager Burg zu dem Sitz der ersten Präsidenten der Tschechoslowakischen Republik T. G. Masaryk und seit 1. Januar 1993 wurde sie zum Sitz des Präsidenten der Tschechischen Republik.
